曾经叱咤斗罗大陆的唐三成神之后，唐门日渐式微，一天他发现一名叫做霍雨浩的少年，因母亲被自己同父异母的兄弟白虎公爵嫡子戴华斌打死，带着仇恨离开白虎公爵府之后发生了一系列奇遇，并进入斗罗大陆第一院校——史莱克学院学习。被唐三看中的霍雨浩能否承担起复兴唐门的任务？

萧炎，主人公，萧家历史上空前绝后的斗气修炼天才。4岁就开始修炼斗之气，10岁拥有了九段斗之气，11岁突破十段斗之气，一跃成为家族百年来最年轻的斗者。然而在12岁那年，他却“丧失”了修炼能力，只拥有三段斗之气。整整三年时间，家族冷遇，旁人轻视，被未婚妻退婚……种种打击接踵而至。就在他即将绝望的时候，一缕幽魂从他手上的戒指里浮现，一扇全新的大门在面前开启！萧炎重新成为家族年轻一辈中的佼佼者，受到众人的仰慕，他却不满足于此。为了一雪退婚带来的耻辱，萧炎来到了魔兽山脉，在药老的帮助下，进一步提升自己的修炼级别……

萧炎（刘三木配音）曾是家族里公认的斗气天才，年仅11岁便已经抵达了常人穷尽一生都无法修炼到的境界。可12岁那年，一场意外让萧炎的全部努力都化为了乌有，失去一切的他体会到了人情的冷暖和世态的炎凉，之后，萧炎和纳兰嫣然（鬼月配音）许下了决斗的三年之约，来到魔兽山脉，在身世神秘的药老（黑石稔配音）手下修炼。三年间，萧炎的身影穿梭在塔戈尔大沙漠和加玛帝国黑岩城等地，结识了云芝、小医仙（醋醋配音）等志同道合的好友，并且最终获得了强大的力量。三年一晃眼就过去了，萧炎毫无悬念的战胜了纳兰嫣然，却没想到，他的故事和劫难才刚刚开始。

现在，全世界所有人都在使用的智能手机App。那里潜藏着无人知晓的存在·Applimonster，通称“Appmon”。Appmon是具备能够自主思考行动的人工智能的App生命体，在人类世界与数码空间的间隙中，为系统及人类发挥着机能。但，潜藏在网络之海中的“凶恶的最终BOSS人工智能·利维坦”化作病毒控制了Appmon们，并开始黑入各个系统，企图从网络一侧控制人类的世界。主人公少年·新海春，获得了被伟大的意志引导的“App驱动”，并使来自“App芯片”的搜索App·GATCHIMON实体化了。隐藏在“App驱动”中的谜团，处在Appmon所潜藏的网络世界与现实世界之间的不可思议的“场”，以及2只Appmon进化的“App合体”到底是什么？“利维坦”真正的目标究竟是……！？爱好读书的少年春，与搜索App的怪兽·GATCHIMON这一对凸凹组合，奔驰于现代世界的新感觉搭档物语，现在启动！

世界的崩溃开始了。暴走的大缅因猫兽吸收了黑暗进化的迪路兽、用强大的力量进化成了秩序兽。根据世界树的想法，现实世界将被数码世界所吞噬。在绝望迫近的时候，被选中的孩子们拼命地向前。现在太一不在了，能代替他带队的只有大和。「为了拯救世界，我们还有必须要做的事情！」加布兽的话给大和带来了活力，而亚古兽则坚信太一定会回来。另一方面，恒常性要处置失去控制的秩序兽、并尝试施行干涉现实世界的最终计划。为了阻止毁灭的到来，被选召的孩子们和他们的搭档拼命地战斗。「所有的光芒，都汇聚在了缅因猫兽…」绝望的迪路兽向大家说到。孩子们做出最后决定的时候到了。被选中的孩子们，自己将选择怎样的未来？现在，冒险将再一次进化。

看到搭档望月芽心被有着玄内样貌的神秘男人所伤，缅因猫兽再度开始暴走。“不能让你诞生在世上…”从现实世界消失的缅因猫兽，正是歪曲本身。是拥有过于巨大力量的，毁灭世界的钥匙——西岛大吾以及出现在望月博士之处的黑客兽，逐渐解明真相。保证世界调和的恒常性将现在变得过于强大的缅因猫兽视为危险，而要将其切除。随着暴走的缅因猫兽的出现，现实世界开始进入毁灭前的倒计时。其所波及的地点接连发生异变。因歪曲而现身的数码宝贝们，等待着那一时刻的来临——被选召的孩子们，受到异常的数码世界排斥，返回现实世界，却因为与搭档数码宝贝在一起而遭到人们的追赶。众人陷入孤立无援却仍然拼命地寻求对策，与此同时芽心独自一人持续烦恼着。同伴和数码宝贝的声音，都传达不到因背负过大的负担而遭受打击的她心中…之后，残酷的命运，甚至逼近了灵魂比任何人都率直纤细的八神光身边——

缅因猫兽的暴走，以及由此引发的重启。留下苦恼的芽心，太一等人前往数码世界。重逢的搭档数码宝贝们，失去了至今为止的全部记忆。即使如此也为了再次筑起羁绊，而伸出手去的被选召的孩子们，与回应此的数码宝贝们。但，唯有比丘兽即使进化为成长期，也依然表现出警戒……“所以说过去的事情我不知道啦！”面对比起自己更加优先关心他人的空的好意，比丘兽反而抱持着不信任感。对于因受伤而久久伫立的空，太一和大和找不到能对她说的话语。接下来，应该在数码世界做些什么才好——在商谈此事的众人面前，缅因猫兽突然现身，之后又消失了。他不知为何残留着原先的记忆，寻找着芽心，含泪彷徨着——看到这副景象，孩子们为了拯救缅因猫兽而对数码世界之旅下定了决心。但，他们的面前却出现了那个驱使黑暗四天王的男人的身影。此时，现实世界的西岛收到了姬川失踪的报告。调查此事的他，查出了姬川至今为止的行动背后隐藏着某个目的。此事还关联着决定了两人命运的过去的某件事……

太一等人因为狮子兽的死产生了动摇，而光子郎则提议找出缅因猫兽被感染的真相。但作为缅因猫兽主人的芽心却想不到为何缅因猫兽会被感染。为了防止其他数码宝贝被感染，光子郎在办公室建立了隔离区，然而巴达兽却已经出现了被感染的征兆……此时，数码宝贝们告知了大家一个有关数码宝贝世界的重大秘密。面对秘密的真相以及再度出现的缅因猫兽，太一等人陷入了苦恼当中，而在各自的想法碰撞中，他们也做出了自己的决断……“如果总是想着总有一天会怎么样的话，那么就不知不觉要成为大人了哦。”现在，冒险再度进化。

奥尔法兽事件过后，随着时间流逝，御台场地区也渐渐复兴著。“回到日本之后，我就决定一定要去大大的澡堂泡澡！”因为美美这句话，加上为了欢迎新加入的伙伴芽心和缅因猫兽，大家前往附近的温泉主题公园。虽然度过了一段开心的时光，但是这儿并没有阿丈的身影。面对高考临近的事实，他在高考和“被选召的孩子们”的使命之间产生了烦恼。“为什么又必须是我们去面对啊？”这个时候，在御台场再度出现了感染的数码宝贝、这是拥有着高傲灵魂的奥加兽。而看着电视中奥加兽的暴走，美美和巴鲁兽决定出击。“必须要让人们知道，也有好的数码宝贝！”然而，美美和巴鲁兽无视光子郎而参与的战斗，却造成了意想不到的结果。各自怀揣烦恼的阿丈与美美。在月岛综合高中文化祭当天，一个男人出现在了他们面前。如今，冒险再度进化……

故事發生在被選召的孩子們首次接觸數碼世界的6年後。2005年的一天，東京港區海面上的波浪在朝陽下搖曳……17歲的高中生八神太一，如常地用手按停眼前的鬧鐘，踢開混亂的被鋪，低聲滴咕下伸展四肢。拉開了窗簾，光線照到桌上一幅「那一天」的集體照上。隨後他在「一路順風，哥哥」的送別聲下，騎上腳踏車出門，奔向那片初夏的青空……現在，冒險再度進化……